Source code for ccpn.pipes.RefitPeaks

#=========================================================================================
# Licence, Reference and Credits
#=========================================================================================
__copyright__ = "Copyright (C) CCPN project (http://www.ccpn.ac.uk) 2014 - 2019"
__credits__ = ("Ed Brooksbank, Luca Mureddu, Timothy J Ragan & Geerten W Vuister")
__licence__ = ("CCPN licence. See http://www.ccpn.ac.uk/v3-software/downloads/license")
__reference__ = ("Skinner, S.P., Fogh, R.H., Boucher, W., Ragan, T.J., Mureddu, L.G., & Vuister, G.W.",
                 "CcpNmr AnalysisAssign: a flexible platform for integrated NMR analysis",
                 "J.Biomol.Nmr (2016), 66, 111-124, http://doi.org/10.1007/s10858-016-0060-y")
#=========================================================================================
# Last code modification
#=========================================================================================
__modifiedBy__ = "$modifiedBy: Luca Mureddu $"
__dateModified__ = "$dateModified: 2017-07-07 16:32:38 +0100 (Fri, July 07, 2017) $"
__version__ = "$Revision: 3.0.0 $"
#=========================================================================================
# Created
#=========================================================================================
__author__ = "$Author: Luca Mureddu $"
__date__ = "$Date: 2017-05-28 10:28:42 +0000 (Sun, May 28, 2017) $"
#=========================================================================================
# Start of code
#=========================================================================================


#### GUI IMPORTS
from ccpn.ui.gui.widgets.PipelineWidgets import GuiPipe
from ccpn.ui.gui.widgets.Label import Label
from ccpn.ui.gui.widgets.CheckBox import CheckBox

#### NON GUI IMPORTS
from ccpn.framework.lib.pipeline.PipeBase import SpectraPipe, PIPE_ANALYSIS
from ccpn.core.lib.AssignmentLib import refitPeaks
from ccpn.core.lib.peakUtils import estimateVolumes

########################################################################################################################
###   Attributes:
###   Used in setting the dictionary keys on _kwargs either in GuiPipe and Pipe
########################################################################################################################

PipeName = 'Refit Peaks'
PeakListIndice = 'PeakList_Indice'
DefaultPeakListIndice = -1
EstimateVolume = 'Estimate_Volume'
DefaultEstimateVolumes = True



########################################################################################################################
##########################################      ALGORITHM       ########################################################
########################################################################################################################


########################################################################################################################
##########################################     GUI PIPE    #############################################################
########################################################################################################################


[docs]class RefitPeaksGuiPipe(GuiPipe): pipeName = PipeName def __init__(self, name=pipeName, parent=None, project=None, **kw): super(RefitPeaksGuiPipe, self) GuiPipe.__init__(self, parent=parent, name=name, project=project, **kw) self.parent = parent row = 0 self.indPeakListsLabel = Label(self.pipeFrame, PeakListIndice, grid=(row, 0)) setattr(self, PeakListIndice, Label(self.pipeFrame, 'Last created (Default)', grid=(row, 1))) row += 1 self.volumesLabel = Label(self.pipeFrame, EstimateVolume, grid=(row, 0)) setattr(self, EstimateVolume, CheckBox(self.pipeFrame, checked=DefaultEstimateVolumes, callback=None, grid=(row, 1)))
######################################################################################################################## ########################################## PIPE ############################################################# ########################################################################################################################
[docs]class RefitPeaksPipe(SpectraPipe): """ Apply phasing to all the spectra in the pipeline """ guiPipe = RefitPeaksGuiPipe pipeName = PipeName pipeCategory = PIPE_ANALYSIS _kwargs = { EstimateVolume: DefaultEstimateVolumes, PeakListIndice: DefaultPeakListIndice, }
[docs] def runPipe(self, spectra): ''' :param spectra: inputData :return: spectra ''' if self.project is not None: for spectrum in spectra: if len(spectrum.peakLists)>0: peakList = spectrum.peakLists[DefaultPeakListIndice] refitPeaks(peakList.peaks) if self._kwargs[EstimateVolume]: estimateVolumes(peakList.peaks) return spectra
RefitPeaksPipe.register() # Registers the pipe in the pipeline