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# Licence, Reference and Credits
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__copyright__ = "Copyright (C) CCPN project (http://www.ccpn.ac.uk) 2014 - 2019"
__credits__ = ("Ed Brooksbank, Luca Mureddu, Timothy J Ragan & Geerten W Vuister")
__licence__ = ("CCPN licence. See http://www.ccpn.ac.uk/v3-software/downloads/license")
__reference__ = ("Skinner, S.P., Fogh, R.H., Boucher, W., Ragan, T.J., Mureddu, L.G., & Vuister, G.W.",
"CcpNmr AnalysisAssign: a flexible platform for integrated NMR analysis",
"J.Biomol.Nmr (2016), 66, 111-124, http://doi.org/10.1007/s10858-016-0060-y")
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# Last code modification
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__modifiedBy__ = "$modifiedBy: Luca Mureddu $"
__dateModified__ = "$dateModified: 2017-07-07 16:32:38 +0100 (Fri, July 07, 2017) $"
__version__ = "$Revision: 3.0.0 $"
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# Created
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__author__ = "$Author: Luca Mureddu $"
__date__ = "$Date: 2017-05-28 10:28:42 +0000 (Sun, May 28, 2017) $"
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# Start of code
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#### GUI IMPORTS
from ccpn.ui.gui.widgets.PipelineWidgets import GuiPipe
from ccpn.ui.gui.widgets.Label import Label
from ccpn.ui.gui.widgets.CheckBox import CheckBox
#### NON GUI IMPORTS
from ccpn.framework.lib.pipeline.PipeBase import SpectraPipe, PIPE_ANALYSIS
from ccpn.core.lib.AssignmentLib import refitPeaks
from ccpn.core.lib.peakUtils import estimateVolumes
########################################################################################################################
### Attributes:
### Used in setting the dictionary keys on _kwargs either in GuiPipe and Pipe
########################################################################################################################
PipeName = 'Refit Peaks'
PeakListIndice = 'PeakList_Indice'
DefaultPeakListIndice = -1
EstimateVolume = 'Estimate_Volume'
DefaultEstimateVolumes = True
########################################################################################################################
########################################## ALGORITHM ########################################################
########################################################################################################################
########################################################################################################################
########################################## GUI PIPE #############################################################
########################################################################################################################
[docs]class RefitPeaksGuiPipe(GuiPipe):
pipeName = PipeName
def __init__(self, name=pipeName, parent=None, project=None, **kw):
super(RefitPeaksGuiPipe, self)
GuiPipe.__init__(self, parent=parent, name=name, project=project, **kw)
self.parent = parent
row = 0
self.indPeakListsLabel = Label(self.pipeFrame, PeakListIndice, grid=(row, 0))
setattr(self, PeakListIndice, Label(self.pipeFrame, 'Last created (Default)', grid=(row, 1)))
row += 1
self.volumesLabel = Label(self.pipeFrame, EstimateVolume, grid=(row, 0))
setattr(self, EstimateVolume, CheckBox(self.pipeFrame, checked=DefaultEstimateVolumes, callback=None, grid=(row, 1)))
########################################################################################################################
########################################## PIPE #############################################################
########################################################################################################################
[docs]class RefitPeaksPipe(SpectraPipe):
"""
Apply phasing to all the spectra in the pipeline
"""
guiPipe = RefitPeaksGuiPipe
pipeName = PipeName
pipeCategory = PIPE_ANALYSIS
_kwargs = {
EstimateVolume: DefaultEstimateVolumes,
PeakListIndice: DefaultPeakListIndice,
}
[docs] def runPipe(self, spectra):
'''
:param spectra: inputData
:return: spectra
'''
if self.project is not None:
for spectrum in spectra:
if len(spectrum.peakLists)>0:
peakList = spectrum.peakLists[DefaultPeakListIndice]
refitPeaks(peakList.peaks)
if self._kwargs[EstimateVolume]:
estimateVolumes(peakList.peaks)
return spectra
RefitPeaksPipe.register() # Registers the pipe in the pipeline