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# Licence, Reference and Credits
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__copyright__ = "Copyright (C) CCPN project (http://www.ccpn.ac.uk) 2014 - 2021"
__credits__ = ("Ed Brooksbank, Joanna Fox, Victoria A Higman, Luca Mureddu, Eliza Płoskoń",
"Timothy J Ragan, Brian O Smith, Gary S Thompson & Geerten W Vuister")
__licence__ = ("CCPN licence. See http://www.ccpn.ac.uk/v3-software/downloads/license")
__reference__ = ("Skinner, S.P., Fogh, R.H., Boucher, W., Ragan, T.J., Mureddu, L.G., & Vuister, G.W.",
"CcpNmr AnalysisAssign: a flexible platform for integrated NMR analysis",
"J.Biomol.Nmr (2016), 66, 111-124, http://doi.org/10.1007/s10858-016-0060-y")
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# Last code modification
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__modifiedBy__ = "$modifiedBy: Ed Brooksbank $"
__dateModified__ = "$dateModified: 2021-06-28 14:33:30 +0100 (Mon, June 28, 2021) $"
__version__ = "$Revision: 3.0.4 $"
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# Created
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__author__ = "$Author: Luca Mureddu $"
__date__ = "$Date: 2017-05-28 10:28:42 +0000 (Sun, May 28, 2017) $"
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# Start of code
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#### GUI IMPORTS
from ccpn.ui.gui.widgets.PipelineWidgets import GuiPipe
from ccpn.ui.gui.widgets.CheckBox import CheckBox
from ccpn.ui.gui.widgets.Label import Label
from ccpn.ui.gui.widgets.DoubleSpinbox import DoubleSpinbox
#### NON GUI IMPORTS
from ccpn.framework.lib.pipeline.PipeBase import SpectraPipe, PIPE_POSTPROCESSING
import numpy as np
from ccpn.util.Logging import getLogger
from ccpn.util import Phasing
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### Attributes:
### Used in setting the dictionary keys on _kwargs either in GuiPipe and Pipe
########################################################################################################################
PipeName = 'Phasing Spectra'
Ph0 = 'Ph0'
Ph1 = 'Ph1'
Pivot = 'Pivot'
Auto = 'Automatic'
DefaultAutoValue = True
DefaultPh0 = 0.0
DefaultPh1 = 0.0
DefaultPivot = 1.0
_paramList = [(Ph0, DefaultPh0), (Ph1, DefaultPh1), (Pivot, DefaultPivot)]
########################################################################################################################
########################################## ALGORITHM ########################################################
########################################################################################################################
[docs]def phasing1D(spectrum, ph0, ph1, pivot):
"""
:param spectrum:
:param ph0: degrees
:param ph1:
:param pivot: in points
:return: intensities
"""
data = spectrum.intensities
pivot = spectrum.spectrumReferences[0].valueToPoint(pivot)
data = Phasing.phaseRealData(data, ph0, ph1, pivot)
data1 = np.array(data)
return data1
[docs]def autoPhasing(spectrum, engine='peak_minima'):
data = spectrum.intensities
data = Phasing.autoPhaseReal(data, engine)
return data
########################################################################################################################
########################################## GUI PIPE #############################################################
########################################################################################################################
[docs]class PhasingSpectraGuiPipe(GuiPipe):
preferredPipe = True
pipeName = PipeName
def __init__(self, name=pipeName, parent=None, project=None, **kw):
super(PhasingSpectraGuiPipe, self)
GuiPipe.__init__(self, parent=parent, name=name, project=project, **kw)
self.parent = parent
i = 0
Label(self.pipeFrame, Auto, grid=(i, 0))
setattr(self, Auto, CheckBox(self.pipeFrame, checked=DefaultAutoValue, callback=None,
grid=(i, 1)))
i += 1
for i, params in enumerate(_paramList):
i += 1
Label(self.pipeFrame, params[0], grid=(i, 0))
setattr(self, params[0], DoubleSpinbox(self.pipeFrame, value=params[1],
max=1000, min=-1000,
decimals=2, step=0.1,
grid=(i, 1)))
def _toggleManualSettings(self):
for i, params in enumerate(_paramList):
w = getattr(self, params[0])
w.setEnabled(not w.isEnabled())
########################################################################################################################
########################################## PIPE #############################################################
########################################################################################################################
[docs]class Phasing1DPipe(SpectraPipe):
"""
Apply phasing to all the spectra in the pipeline
"""
guiPipe = PhasingSpectraGuiPipe
pipeName = PipeName
pipeCategory = PIPE_POSTPROCESSING
_kwargs = {
Ph0 : DefaultPh0,
Ph1 : DefaultPh0,
Pivot: DefaultPivot,
Auto : DefaultAutoValue
}
[docs] def runPipe(self, spectra):
'''
:param spectra: inputData
:return: aligned spectra
'''
ph0 = self._kwargs[Ph0]
ph1 = self._kwargs[Ph1]
pivot = self._kwargs[Pivot]
auto = self._kwargs[Auto]
if self.project is not None:
if spectra:
for spectrum in spectra:
if spectrum:
if auto:
intensities = autoPhasing(spectrum)
else:
intensities = phasing1D(spectrum, ph0, ph1, pivot)
spectrum.intensities = intensities
getLogger().info('Phasing pipe completed.')
return spectra
else:
getLogger().warning('Spectra not phased. Returned original spectra')
return spectra
Phasing1DPipe.register() # Registers the pipe in the pipeline