Source code for ccpn.pipes.PeakFilterNdPipe

#=========================================================================================
# Licence, Reference and Credits
#=========================================================================================
__copyright__ = "Copyright (C) CCPN project (http://www.ccpn.ac.uk) 2014 - 2019"
__credits__ = ("Ed Brooksbank, Luca Mureddu, Timothy J Ragan & Geerten W Vuister")
__licence__ = ("CCPN licence. See http://www.ccpn.ac.uk/v3-software/downloads/license")
__reference__ = ("Skinner, S.P., Fogh, R.H., Boucher, W., Ragan, T.J., Mureddu, L.G., & Vuister, G.W.",
                 "CcpNmr AnalysisAssign: a flexible platform for integrated NMR analysis",
                 "J.Biomol.Nmr (2016), 66, 111-124, http://doi.org/10.1007/s10858-016-0060-y")
#=========================================================================================
# Last code modification
#=========================================================================================
__modifiedBy__ = "$modifiedBy: Luca Mureddu $"
__dateModified__ = "$dateModified: 2017-07-07 16:32:39 +0100 (Fri, July 07, 2017) $"
__version__ = "$Revision: 3.0.0 $"
#=========================================================================================
# Created
#=========================================================================================
__author__ = "$Author: Luca Mureddu $"
__date__ = "$Date: 2017-05-20 10:28:42 +0000 (Sun, May 28, 2017) $"
#=========================================================================================
# Start of code
#=========================================================================================


#### GUI IMPORTS
from ccpn.ui.gui.widgets.CheckBox import CheckBox
from ccpn.ui.gui.widgets.PipelineWidgets import GuiPipe
from ccpn.ui.gui.widgets.Label import Label
from ccpn.ui.gui.widgets.DoubleSpinbox import DoubleSpinbox

#### NON GUI IMPORTS
from ccpn.framework.lib.pipeline.PipeBase import SpectraPipe, PIPE_ANALYSIS
from ccpn.util.Logging import getLogger


########################################################################################################################
###   Attributes:
###   Used in setting the dictionary keys on _kwargs either in GuiPipe and Pipe
########################################################################################################################

PipeName = 'Peak Filter ND'

FilterFactor = 'Filter_Factor'  # NB Mock Paramater
DeletePeaks = 'Delete_Peaks'  # NB Mock Paramater

DefaultFilterFactor = 5.7
DefaultPeakListIndex = -1
DefaultDeletePeaks = False


########################################################################################################################
##########################################      ALGORITHM       ########################################################
########################################################################################################################

# This Pipe has not been implemented yet. Gui Mock type only

########################################################################################################################
##########################################     GUI PIPE    #############################################################
########################################################################################################################

# This Pipe has not been implemented yet. Gui Mock type only


[docs]class PeakFilterNdGuiPipe(GuiPipe): preferredPipe = True pipeName = PipeName def __init__(self, name=pipeName, parent=None, project=None, **kwds): super(PeakFilterNdGuiPipe, self) GuiPipe.__init__(self, parent=parent, name=name, project=project, **kwds) self._parent = parent row = 0 filterFactorLabel = Label(self.pipeFrame, text=FilterFactor, grid=(row, 0)) setattr(self, FilterFactor, DoubleSpinbox(self.pipeFrame, value=DefaultFilterFactor, min=0.01, step=0.1, grid=(row, 1))) row += 1 deletePeakLabel = Label(self.pipeFrame, text=DeletePeaks, grid=(row, 0)) setattr(self, DeletePeaks, CheckBox(self.pipeFrame, text='', checked=True, grid=(row, 1)))
######################################################################################################################## ########################################## PIPE ############################################################# ######################################################################################################################## # This Pipe has not been implemented yet. Gui Mock type only
[docs]class PeakFilterNdPipe(SpectraPipe): guiPipe = PeakFilterNdGuiPipe pipeName = PipeName pipeCategory = PIPE_ANALYSIS _kwargs = { FilterFactor: DefaultFilterFactor, DeletePeaks : DefaultDeletePeaks, }
[docs] def runPipe(self, spectra): getLogger().warning('%s Has Not Been Implemented Yet' % PipeName) return spectra
# PeakFilterNdPipe.register() # Registers the pipe in the pipeline