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# Licence, Reference and Credits
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__copyright__ = "Copyright (C) CCPN project (http://www.ccpn.ac.uk) 2014 - 2019"
__credits__ = ("Ed Brooksbank, Luca Mureddu, Timothy J Ragan & Geerten W Vuister")
__licence__ = ("CCPN licence. See http://www.ccpn.ac.uk/v3-software/downloads/license")
__reference__ = ("Skinner, S.P., Fogh, R.H., Boucher, W., Ragan, T.J., Mureddu, L.G., & Vuister, G.W.",
"CcpNmr AnalysisAssign: a flexible platform for integrated NMR analysis",
"J.Biomol.Nmr (2016), 66, 111-124, http://doi.org/10.1007/s10858-016-0060-y")
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# Last code modification
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__modifiedBy__ = "$modifiedBy: Luca Mureddu $"
__dateModified__ = "$dateModified: 2017-07-07 16:32:39 +0100 (Fri, July 07, 2017) $"
__version__ = "$Revision: 3.0.0 $"
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# Created
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__author__ = "$Author: Luca Mureddu $"
__date__ = "$Date: 2017-05-20 10:28:42 +0000 (Sun, May 28, 2017) $"
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# Start of code
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#### GUI IMPORTS
from ccpn.ui.gui.widgets.CheckBox import CheckBox
from ccpn.ui.gui.widgets.PipelineWidgets import GuiPipe
from ccpn.ui.gui.widgets.Label import Label
from ccpn.ui.gui.widgets.DoubleSpinbox import DoubleSpinbox
#### NON GUI IMPORTS
from ccpn.framework.lib.pipeline.PipeBase import SpectraPipe, PIPE_ANALYSIS
from ccpn.util.Logging import getLogger
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### Attributes:
### Used in setting the dictionary keys on _kwargs either in GuiPipe and Pipe
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PipeName = 'Peak Filter ND'
FilterFactor = 'Filter_Factor' # NB Mock Paramater
DeletePeaks = 'Delete_Peaks' # NB Mock Paramater
DefaultFilterFactor = 5.7
DefaultPeakListIndex = -1
DefaultDeletePeaks = False
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########################################## ALGORITHM ########################################################
########################################################################################################################
# This Pipe has not been implemented yet. Gui Mock type only
########################################################################################################################
########################################## GUI PIPE #############################################################
########################################################################################################################
# This Pipe has not been implemented yet. Gui Mock type only
[docs]class PeakFilterNdGuiPipe(GuiPipe):
preferredPipe = True
pipeName = PipeName
def __init__(self, name=pipeName, parent=None, project=None, **kwds):
super(PeakFilterNdGuiPipe, self)
GuiPipe.__init__(self, parent=parent, name=name, project=project, **kwds)
self._parent = parent
row = 0
filterFactorLabel = Label(self.pipeFrame, text=FilterFactor, grid=(row, 0))
setattr(self, FilterFactor, DoubleSpinbox(self.pipeFrame, value=DefaultFilterFactor, min=0.01, step=0.1, grid=(row, 1)))
row += 1
deletePeakLabel = Label(self.pipeFrame, text=DeletePeaks, grid=(row, 0))
setattr(self, DeletePeaks, CheckBox(self.pipeFrame, text='', checked=True, grid=(row, 1)))
########################################################################################################################
########################################## PIPE #############################################################
########################################################################################################################
# This Pipe has not been implemented yet. Gui Mock type only
[docs]class PeakFilterNdPipe(SpectraPipe):
guiPipe = PeakFilterNdGuiPipe
pipeName = PipeName
pipeCategory = PIPE_ANALYSIS
_kwargs = {
FilterFactor: DefaultFilterFactor,
DeletePeaks : DefaultDeletePeaks,
}
[docs] def runPipe(self, spectra):
getLogger().warning('%s Has Not Been Implemented Yet' % PipeName)
return spectra
# PeakFilterNdPipe.register() # Registers the pipe in the pipeline