Source code for ccpn.pipes.OLD_PeakPicker1DPipe

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# Licence, Reference and Credits
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__copyright__ = "Copyright (C) CCPN project (http://www.ccpn.ac.uk) 2014 - 2021"
__credits__ = ("Ed Brooksbank, Joanna Fox, Victoria A Higman, Luca Mureddu, Eliza Płoskoń",
               "Timothy J Ragan, Brian O Smith, Gary S Thompson & Geerten W Vuister")
__licence__ = ("CCPN licence. See http://www.ccpn.ac.uk/v3-software/downloads/license")
__reference__ = ("Skinner, S.P., Fogh, R.H., Boucher, W., Ragan, T.J., Mureddu, L.G., & Vuister, G.W.",
                 "CcpNmr AnalysisAssign: a flexible platform for integrated NMR analysis",
                 "J.Biomol.Nmr (2016), 66, 111-124, http://doi.org/10.1007/s10858-016-0060-y")
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# Last code modification
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__modifiedBy__ = "$modifiedBy: Ed Brooksbank $"
__dateModified__ = "$dateModified: 2021-06-04 19:38:29 +0100 (Fri, June 04, 2021) $"
__version__ = "$Revision: 3.0.4 $"
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# Created
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__author__ = "$Author: Luca Mureddu $"
__date__ = "$Date: 2017-05-28 10:28:42 +0000 (Sun, May 28, 2017) $"
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# Start of code
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#### GUI IMPORTS
from ccpn.ui.gui.widgets.CheckBox import CheckBox
from ccpn.ui.gui.widgets.PipelineWidgets import GuiPipe
from ccpn.ui.gui.widgets.Spinbox import Spinbox
from ccpn.ui.gui.widgets.PulldownList import PulldownList
from ccpn.ui.gui.widgets.Label import Label
from ccpn.ui.gui.widgets.DoubleSpinbox import DoubleSpinbox

#### NON GUI IMPORTS
from ccpn.framework.lib.pipeline.PipeBase import SpectraPipe, PIPE_ANALYSIS
from ccpn.pipes.lib._getNoiseLevel import _getNoiseLevelForPipe
from ccpn.util.Logging import getLogger

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###   Attributes:
###   Used in setting the dictionary keys on _kwargs either in GuiPipe and Pipe
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PipeName = 'OLD Peak Picker 1D'

ExcludeRegions = 'Exclude_Regions'
NoiseThreshold = 'Noise_Threshold'
NegativePeaks = 'Negative_Peaks'
NoiseLevelFactor = 'Noise_Level_Factor'
MaximumFilterSize = 'Maximum_Filter_Size'
MaximumFilterMode = 'Maximum_Filter_Mode'
MinimalLineWidth = 'Minimal_LineWidth'
EstimateNoiseThreshold = 'Estimate_Noise_Threshold'
Modes = ['wrap', 'reflect', 'constant', 'nearest', 'mirror']

DefaultNoiseThresholdFactor = 10
DefaultNoiseThreshold = [0.0, 0.0]
DefaultExcludeRegions = [[0.0, 0.0], [0.0, 0.0]]
DefaultPeakListIndex = -1


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##########################################      ALGORITHM       ########################################################
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##########################################     GUI PIPE    #############################################################
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[docs]class PeakPicker1DGuiPipe(GuiPipe): preferredPipe = True pipeName = PipeName def __init__(self, name=pipeName, parent=None, project=None, **kwds): super(PeakPicker1DGuiPipe, self) GuiPipe.__init__(self, parent=parent, name=name, project=project, **kwds) self._parent = parent row = 0 self.pickNegativeLabel = Label(self.pipeFrame, text=NegativePeaks, grid=(row, 0)) setattr(self, NegativePeaks, CheckBox(self.pipeFrame, text='', checked=True, grid=(row, 1))) row += 1 self.noiseLevelFactorLabel = Label(self.pipeFrame, text=NoiseLevelFactor, grid=(row, 0)) setattr(self, NoiseLevelFactor, DoubleSpinbox(self.pipeFrame, value=10.0, min=0.01, step=0.1, grid=(row, 1))) row += 1 self.maximumFilterSize = Label(self.pipeFrame, text=MaximumFilterSize, grid=(row, 0)) setattr(self, MaximumFilterSize, Spinbox(self.pipeFrame, value=10, max=1000, grid=(row, 1))) row += 1 self.maximumFilterMode = Label(self.pipeFrame, text=MaximumFilterMode, grid=(row, 0)) setattr(self, MaximumFilterMode, PulldownList(self.pipeFrame, texts=Modes, grid=(row, 1)))
######################################################################################################################## ########################################## PIPE ############################################################# ########################################################################################################################
[docs]class PeakPicker1DPipe(SpectraPipe): guiPipe = PeakPicker1DGuiPipe pipeName = PipeName pipeCategory = PIPE_ANALYSIS _kwargs = { ExcludeRegions : DefaultExcludeRegions, NoiseThreshold : DefaultNoiseThreshold, EstimateNoiseThreshold: True, NoiseLevelFactor : DefaultNoiseThresholdFactor, MaximumFilterSize : 5, MaximumFilterMode : Modes[0], NegativePeaks : True, }
[docs] def runPipe(self, spectra): ''' :param data: :return: ''' from tqdm import tqdm getLogger().info(self._startedInfo) if NoiseThreshold not in self._kwargs: self._kwargs.update({NoiseThreshold: DefaultNoiseThreshold}) maximumFilterSize = self._kwargs[MaximumFilterSize] maximumFilterMode = self._kwargs[MaximumFilterMode] negativePeaks = self._kwargs[NegativePeaks] positiveNoiseThreshold = max(self._kwargs[NoiseThreshold]) negativeNoiseThreshold = min(self._kwargs[NoiseThreshold]) noiseLevelFactor = self._kwargs[NoiseLevelFactor] if ExcludeRegions in self.pipeline._kwargs: excludeRegions = self.pipeline._kwargs[ExcludeRegions] else: self._kwargs.update({ExcludeRegions: DefaultExcludeRegions}) excludeRegions = self._kwargs[ExcludeRegions] for spectrum in tqdm(self.inputData): noiseThreshold = _getNoiseLevelForPipe(cls=self, spectrum=spectrum, estimateNoiseThreshold_var=EstimateNoiseThreshold, noiseThreshold_var=NoiseThreshold) if noiseThreshold: negativeNoiseThreshold = noiseThreshold[0] positiveNoiseThreshold = noiseThreshold[1] # print('Peak Picker @@@ noiseThreshold', noiseThreshold) if len(spectrum.peakLists) > 0: spectrum.peakLists[DefaultPeakListIndex].pickPeaks1dFiltered(size=maximumFilterSize, mode=maximumFilterMode, positiveNoiseThreshold=positiveNoiseThreshold, negativeNoiseThreshold=negativeNoiseThreshold, excludeRegions=excludeRegions, negativePeaks=negativePeaks, factor=noiseLevelFactor) else: getLogger().warning('Error: PeakList not found. Add a new PeakList first') getLogger().info(self._finishedInfo) return spectra
# PeakPicker1DPipe.register() # Registers the pipe in the pipeline