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# Licence, Reference and Credits
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__copyright__ = "Copyright (C) CCPN project (http://www.ccpn.ac.uk) 2014 - 2019"
__credits__ = ("Ed Brooksbank, Luca Mureddu, Timothy J Ragan & Geerten W Vuister")
__licence__ = ("CCPN licence. See http://www.ccpn.ac.uk/v3-software/downloads/license")
__reference__ = ("Skinner, S.P., Fogh, R.H., Boucher, W., Ragan, T.J., Mureddu, L.G., & Vuister, G.W.",
"CcpNmr AnalysisAssign: a flexible platform for integrated NMR analysis",
"J.Biomol.Nmr (2016), 66, 111-124, http://doi.org/10.1007/s10858-016-0060-y")
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# Last code modification
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__modifiedBy__ = "$modifiedBy: Luca Mureddu $"
__dateModified__ = "$dateModified: 2017-07-07 16:32:39 +0100 (Fri, July 07, 2017) $"
__version__ = "$Revision: 3.0.0 $"
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# Created
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__author__ = "$Author: Luca Mureddu $"
__date__ = "$Date: 2017-05-28 10:28:42 +0000 (Sun, May 28, 2017) $"
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# Start of code
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#### GUI IMPORTS
from ccpn.ui.gui.widgets.PipelineWidgets import GuiPipe
from ccpn.ui.gui.widgets.Label import Label
from ccpn.ui.gui.widgets.DoubleSpinbox import DoubleSpinbox
from ccpn.ui.gui.widgets.CheckBox import CheckBox
#### NON GUI IMPORTS
from ccpn.framework.lib.pipeline.PipeBase import SpectraPipe, PIPE_ANALYSIS
from ccpn.pipes.lib._getNoiseLevel import _getNoiseLevelForPipe
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### Attributes:
### Used in setting the dictionary keys on _kwargs either in GuiPipe and Pipe
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PipeName = 'Calculate Integrals 1D (experimental)'
IntegralListIndex = 'Add_To_Integral'
NoiseThreshold = 'Noise_Threshold'
MinimalLineWidth = 'Minimal_LineWidth'
FindPeak = 'Find_peak'
EstimateNoiseThreshold = 'Estimate_Noise_Threshold'
DefaultMinimalLineWidth = 0.01
DefaultNoiseThreshold = [0.0, 0.0]
DefaultIntegralListIndex = -1
DefaultFindPeak = True
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########################################## ALGORITHM ########################################################
########################################################################################################################
########################################################################################################################
########################################## GUI PIPE #############################################################
########################################################################################################################
[docs]class CalculateAreaGuiPipe(GuiPipe):
preferredPipe = True
pipeName = PipeName
def __init__(self, name=pipeName, parent=None, project=None, **kwds):
super(CalculateAreaGuiPipe, self)
GuiPipe.__init__(self, parent=parent, name=name, project=project, **kwds)
self._parent = parent
row = 0
self.mlwLabel = Label(self.pipeFrame, MinimalLineWidth, grid=(row, 0))
setattr(self, MinimalLineWidth, DoubleSpinbox(self.pipeFrame, value=DefaultMinimalLineWidth, grid=(row, 1)))
row += 1
self.peakLabel = Label(self.pipeFrame, FindPeak, grid=(row, 0))
setattr(self, FindPeak, CheckBox(self.pipeFrame, checked=DefaultFindPeak, grid=(row, 1)))
########################################################################################################################
########################################## PIPE #############################################################
########################################################################################################################
[docs]class CalculateAreaPipe(SpectraPipe):
guiPipe = CalculateAreaGuiPipe
pipeName = PipeName
pipeCategory = PIPE_ANALYSIS
_kwargs = {
NoiseThreshold : DefaultNoiseThreshold,
MinimalLineWidth : DefaultMinimalLineWidth,
EstimateNoiseThreshold: True,
FindPeak : DefaultFindPeak
}
[docs] def runPipe(self, spectra):
'''
:param data:
:return:
'''
if NoiseThreshold not in self._kwargs:
self._kwargs.update({NoiseThreshold: DefaultNoiseThreshold})
minimalLineWidth = self._kwargs[MinimalLineWidth]
positiveNoiseThreshold = max(self._kwargs[NoiseThreshold])
findPeak = self._kwargs[FindPeak]
for spectrum in spectra:
noiseThreshold = _getNoiseLevelForPipe(cls=self, spectrum=spectrum,
estimateNoiseThreshold_var=EstimateNoiseThreshold,
noiseThreshold_var=NoiseThreshold)
if noiseThreshold:
positiveNoiseThreshold = noiseThreshold[1]
if len(spectrum.integralLists) > 0:
spectrum.integralLists[DefaultIntegralListIndex].automaticIntegral1D(minimalLineWidth=float(minimalLineWidth),
noiseThreshold=float(positiveNoiseThreshold),
findPeak=findPeak)
else:
integralList = spectrum.newIntegralList()
integralList.automaticIntegral1D(minimalLineWidth=float(minimalLineWidth), noiseThreshold=float(positiveNoiseThreshold),
findPeak=findPeak)
return spectra
CalculateAreaPipe.register() # Registers the pipe in the pipeline