Source code for ccpn.pipes.DuplicateSpectraPipe

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# Licence, Reference and Credits
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__copyright__ = "Copyright (C) CCPN project (http://www.ccpn.ac.uk) 2014 - 2020"
__credits__ = ("Ed Brooksbank, Luca Mureddu, Timothy J Ragan & Geerten W Vuister")
__licence__ = ("CCPN licence. See http://www.ccpn.ac.uk/v3-software/downloads/license")
__reference__ = ("Skinner, S.P., Fogh, R.H., Boucher, W., Ragan, T.J., Mureddu, L.G., & Vuister, G.W.",
                 "CcpNmr AnalysisAssign: a flexible platform for integrated NMR analysis",
                 "J.Biomol.Nmr (2016), 66, 111-124, http://doi.org/10.1007/s10858-016-0060-y")
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# Last code modification
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__modifiedBy__ = "$modifiedBy: Ed Brooksbank $"
__dateModified__ = "$dateModified: 2020-05-01 17:08:42 +0100 (Fri, May 01, 2020) $"
__version__ = "$Revision: 3.0.1 $"
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# Created
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__author__ = "$Author: Luca Mureddu $"
__date__ = "$Date: 2017-05-28 10:28:42 +0000 (Sun, May 28, 2017) $"
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# Start of code
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#### GUI IMPORTS
from ccpn.ui.gui.widgets.PipelineWidgets import GuiPipe
from ccpn.ui.gui.widgets.Label import Label
from ccpn.ui.gui.widgets.CheckBox import CheckBox

#### NON GUI IMPORTS
from ccpn.framework.lib.pipeline.PipeBase import SpectraPipe, PIPE_GENERIC


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###   Attributes:
###   Used in setting the dictionary keys on _kwargs either in GuiPipe and Pipe
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## Widget variables and/or _kwargs keys


## defaults
ReplaceInputData = 'Replace_Input_Data'
DefaultReplaceInputData = False

## PipeName
PipeName = 'Duplicate Spectra'


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##########################################      ALGORITHM       ########################################################
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##########################################     GUI PIPE    #############################################################
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[docs]class DuplicateSpectrumGuiPipe(GuiPipe): preferredPipe = True pipeName = PipeName _alreadyOpened = False def __init__(self, name=pipeName, parent=None, project=None, **kwds): super(DuplicateSpectrumGuiPipe, self) GuiPipe.__init__(self, parent=parent, name=name, project=project, **kwds) self._parent = parent DuplicateSpectrumGuiPipe._alreadyOpened = True row = 0 tipText = 'Use the duplicated spectra as new inputData and remove the original spectra from the pipeline.' self.replaceInputDataLabel = Label(self.pipeFrame, text=ReplaceInputData, grid=(row, 0)) setattr(self, ReplaceInputData, CheckBox(self.pipeFrame, text='', checked=DefaultReplaceInputData, tipText=tipText, grid=(row, 1))) def _updateWidgets(self): pass def _closePipe(self): 'reset alreadyOpened flag ' DuplicateSpectrumGuiPipe._alreadyOpened = False self.closePipe()
######################################################################################################################## ########################################## PIPE ############################################################# ########################################################################################################################
[docs]class DuplicateSpectrumPipe(SpectraPipe): guiPipe = DuplicateSpectrumGuiPipe pipeName = PipeName pipeCategory = PIPE_GENERIC _kwargs = { ReplaceInputData: DefaultReplaceInputData }
[docs] def runPipe(self, spectra): ''' :param spectra: inputData :return: new spectra ''' newSpectra = set() for spectrum in spectra: newspectrum = spectrum.cloneAsHdf5() newSpectra.update([newspectrum]) newspectrum.spectrumGroups = () replaceInputData = self._kwargs[ReplaceInputData] if replaceInputData: self.pipeline.updateInputData = True self.pipeline.inputData = newSpectra return newSpectra else: spectra = set(spectra) spectra.update(newSpectra) return spectra
DuplicateSpectrumPipe.register() # Registers the pipe in the pipeline