Source code for ccpn.pipes.AutoAssignmentPipe

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# Licence, Reference and Credits
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__copyright__ = "Copyright (C) CCPN project (http://www.ccpn.ac.uk) 2014 - 2019"
__credits__ = ("Ed Brooksbank, Luca Mureddu, Timothy J Ragan & Geerten W Vuister")
__licence__ = ("CCPN licence. See http://www.ccpn.ac.uk/v3-software/downloads/license")
__reference__ = ("Skinner, S.P., Fogh, R.H., Boucher, W., Ragan, T.J., Mureddu, L.G., & Vuister, G.W.",
                 "CcpNmr AnalysisAssign: a flexible platform for integrated NMR analysis",
                 "J.Biomol.Nmr (2016), 66, 111-124, http://doi.org/10.1007/s10858-016-0060-y")
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# Last code modification
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__modifiedBy__ = "$modifiedBy: Luca Mureddu $"
__dateModified__ = "$dateModified: 2017-07-07 16:32:39 +0100 (Fri, July 07, 2017) $"
__version__ = "$Revision: 3.0.0 $"
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# Created
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__author__ = "$Author: Luca Mureddu $"
__date__ = "$Date: 2017-05-20 10:28:42 +0000 (Sun, May 28, 2017) $"
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# Start of code
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#### GUI IMPORTS
from ccpn.ui.gui.widgets.PipelineWidgets import GuiPipe
from ccpn.ui.gui.widgets.PulldownList import PulldownList
from ccpn.ui.gui.widgets.Label import Label
from ccpn.ui.gui.widgets.DoubleSpinbox import DoubleSpinbox
from ccpn.ui.gui.widgets.Widget import Widget

#### NON GUI IMPORTS
from ccpn.framework.lib.pipeline.PipeBase import SpectraPipe, PIPE_ASSIGN
from ccpn.util.Logging import getLogger


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###   Attributes:
###   Used in setting the dictionary keys on _kwargs either in GuiPipe and Pipe
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PipeName = 'Automated Assignment'

Mode = 'Mode'
ToleranceMatches = 'Tolerances'
HToleranceMatches = 'H'
CToleranceMatches = 'C'
NToleranceMatches = 'N'
Backbone = 'Backbone'
SideChain = 'Sidechain'
Iterations = 'Iterations'
MinAccuracy = 'MinAccuracy'

DefaultMode = Backbone
DefaultHToleranceMatches = 0.01
DefaultCToleranceMatches = 0.1
DefaultNToleranceMatches = 0.1
DefaultOthersToleranceMatches = 1.0

Tolerances = {HToleranceMatches: DefaultHToleranceMatches,
              NToleranceMatches: DefaultNToleranceMatches,
              CToleranceMatches: DefaultCToleranceMatches}

DefaultMinAccuracy = 10
DefaultIterations = 15000
DefaultEngine = 'CCPN 1'


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##########################################      ALGORITHM       ########################################################
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# This Pipe has not been implemented yet. Gui Mock type only

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##########################################     GUI PIPE    #############################################################
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# This Pipe has not been implemented yet. Gui Mock type only


[docs]class AutomatedAssignmentGuiPipe(GuiPipe): pipeName = PipeName def __init__(self, name=pipeName, parent=None, project=None, **kwds): super(AutomatedAssignmentGuiPipe, self) GuiPipe.__init__(self, parent=parent, name=name, project=project, **kwds) self._parent = parent row = 0 modeLabel = Label(self.pipeFrame, text=Mode, grid=(row, 0)) setattr(self, Mode, PulldownList(self.pipeFrame, texts=[Backbone, SideChain], grid=(row, 1))) row += 1 tolerancesLabel = Label(self.pipeFrame, text=ToleranceMatches, grid=(row, 0), vAlign='t') holder = Widget(self.pipeFrame, grid=(row, 1), setLayout=True, vAlign='t') for i, (key, value) in enumerate(Tolerances.items()): setattr(self, ToleranceMatches, DoubleSpinbox(holder, prefix=key, value=value, grid=(i, 1))) row += 1 accuracyLabel = Label(self.pipeFrame, text=MinAccuracy, grid=(row, 0)) setattr(self, ToleranceMatches, DoubleSpinbox(self.pipeFrame, value=DefaultMinAccuracy, grid=(row, 1))) row += 1 iterationsLabel = Label(self.pipeFrame, text=Iterations, grid=(row, 0)) setattr(self, Iterations, DoubleSpinbox(self.pipeFrame, value=DefaultIterations, grid=(row, 1)))
######################################################################################################################## ########################################## PIPE ############################################################# ######################################################################################################################## # This Pipe has not been implemented yet. Gui Mock type only
[docs]class AutomatedAssignmentPipe(SpectraPipe): guiPipe = AutomatedAssignmentGuiPipe pipeName = PipeName pipeCategory = PIPE_ASSIGN
[docs] def runPipe(self, spectra): getLogger().warning('%s Has Not Been Implemented Yet' % PipeName) return spectra
# AutomatedAssignmentPipe.register() # Registers the pipe in the pipeline # # # if __name__ == '__main__': # Gui Test # from ccpn.ui.gui.widgets.PipelineWidgets import testGuiPipe # testGuiPipe(AutomatedAssignmentGuiPipe)