Source code for ccpn.pipes.APSPipe
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# Licence, Reference and Credits
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__copyright__ = "Copyright (C) CCPN project (http://www.ccpn.ac.uk) 2014 - 2021"
__credits__ = ("Ed Brooksbank, Luca Mureddu, Timothy J Ragan & Geerten W Vuister")
__licence__ = ("CCPN licence. See http://www.ccpn.ac.uk/v3-software/downloads/license")
__reference__ = ("Skinner, S.P., Fogh, R.H., Boucher, W., Ragan, T.J., Mureddu, L.G., & Vuister, G.W.",
"CcpNmr AnalysisAssign: a flexible platform for integrated NMR analysis",
"J.Biomol.Nmr (2016), 66, 111-124, http://doi.org/10.1007/s10858-016-0060-y")
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# Last code modification
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__modifiedBy__ = "$modifiedBy: Ed Brooksbank $"
__dateModified__ = "$dateModified: 2021-02-04 12:07:31 +0000 (Thu, February 04, 2021) $"
__version__ = "$Revision: 3.0.3 $"
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# Created
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__author__ = "$Author: Luca Mureddu $"
__date__ = "$Date: 2017-05-28 10:28:42 +0000 (Sun, May 28, 2017) $"
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# Start of code
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#### GUI IMPORTS
from ccpn.ui.gui.widgets.PipelineWidgets import GuiPipe
#### NON GUI IMPORTS
from ccpn.framework.lib.pipeline.PipeBase import SpectraPipe, PIPE_PROCESSING
from ccpn.util.Logging import getLogger
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### Attributes:
### Used in setting the dictionary keys on _kwargs either in GuiPipe and Pipe
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PipeName = 'DEMO3 AutoPS'
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########################################## ALGORITHM ########################################################
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########################################## GUI PIPE #############################################################
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[docs]class APSGuiPipe(GuiPipe):
preferredPipe = True
pipeName = PipeName
def __init__(self, name=pipeName, parent=None, project=None, **kw):
super(APSGuiPipe, self)
GuiPipe.__init__(self, parent=parent, name=name, project=project, **kw)
self.parent = parent
########################################################################################################################
########################################## PIPE #############################################################
########################################################################################################################
[docs]class APSPipe(SpectraPipe):
"""
Apply phasing to all the spectra in the pipeline
"""
guiPipe = APSGuiPipe
pipeName = PipeName
pipeCategory = PIPE_PROCESSING
_kwargs = {
}
[docs] def runPipe(self, spectra):
"""
auto-phase on the imaginaries
"""
if self.project is not None:
if spectra:
for spectrum in spectra:
if spectrum:
data = None
# spectrum.intensities = ng.proc_autophase.autops(spectrum.intensities, 'peak_minima')
getLogger().info('auto-phase Demo completed')
return spectra
else:
getLogger().warning('auto-phase failed. Returned original spectra')
return spectra
# APSPipe.register() # Registers the pipe in the pipeline