Source code for ccpn.pipes.APSPipe

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# Licence, Reference and Credits
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__copyright__ = "Copyright (C) CCPN project (http://www.ccpn.ac.uk) 2014 - 2021"
__credits__ = ("Ed Brooksbank, Luca Mureddu, Timothy J Ragan & Geerten W Vuister")
__licence__ = ("CCPN licence. See http://www.ccpn.ac.uk/v3-software/downloads/license")
__reference__ = ("Skinner, S.P., Fogh, R.H., Boucher, W., Ragan, T.J., Mureddu, L.G., & Vuister, G.W.",
                 "CcpNmr AnalysisAssign: a flexible platform for integrated NMR analysis",
                 "J.Biomol.Nmr (2016), 66, 111-124, http://doi.org/10.1007/s10858-016-0060-y")
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# Last code modification
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__modifiedBy__ = "$modifiedBy: Ed Brooksbank $"
__dateModified__ = "$dateModified: 2021-02-04 12:07:31 +0000 (Thu, February 04, 2021) $"
__version__ = "$Revision: 3.0.3 $"
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# Created
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__author__ = "$Author: Luca Mureddu $"
__date__ = "$Date: 2017-05-28 10:28:42 +0000 (Sun, May 28, 2017) $"
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# Start of code
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#### GUI IMPORTS
from ccpn.ui.gui.widgets.PipelineWidgets import GuiPipe

#### NON GUI IMPORTS
from ccpn.framework.lib.pipeline.PipeBase import SpectraPipe, PIPE_PROCESSING
from ccpn.util.Logging import getLogger

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###   Attributes:
###   Used in setting the dictionary keys on _kwargs either in GuiPipe and Pipe
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PipeName = 'DEMO3 AutoPS'


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##########################################      ALGORITHM       ########################################################
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##########################################     GUI PIPE    #############################################################
########################################################################################################################


class APSGuiPipe(GuiPipe):
    preferredPipe = True
    pipeName = PipeName

    def __init__(self, name=pipeName, parent=None, project=None, **kw):
        super(APSGuiPipe, self)
        GuiPipe.__init__(self, parent=parent, name=name, project=project, **kw)
        self.parent = parent


########################################################################################################################
##########################################       PIPE      #############################################################
########################################################################################################################


class APSPipe(SpectraPipe):
    """
    Apply  phasing to all the spectra in the pipeline
    """

    guiPipe = APSGuiPipe
    pipeName = PipeName
    pipeCategory = PIPE_PROCESSING

    _kwargs = {
        }

    def runPipe(self, spectra):
        """
        auto-phase on the imaginaries
        """

        if self.project is not None:
            if spectra:
                for spectrum in spectra:
                    if spectrum:
                        data = None
                        # spectrum.intensities = ng.proc_autophase.autops(spectrum.intensities, 'peak_minima')
                getLogger().info('auto-phase Demo completed')

                return spectra
            else:
                getLogger().warning('auto-phase failed. Returned original spectra')
                return spectra


# APSPipe.register()  # Registers the pipe in the pipeline