Source code for ccpn.AnalysisScreen.pipes.SetupNmrAtomsPipeFromSG

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# Licence, Reference and Credits
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__copyright__ = "Copyright (C) CCPN project (http://www.ccpn.ac.uk) 2014 - 2021"
__credits__ = ("Ed Brooksbank, Joanna Fox, Victoria A Higman, Luca Mureddu, Eliza Płoskoń",
               "Timothy J Ragan, Brian O Smith, Gary S Thompson & Geerten W Vuister")
__licence__ = ("CCPN licence. See http://www.ccpn.ac.uk/v3-software/downloads/license")
__reference__ = ("Skinner, S.P., Fogh, R.H., Boucher, W., Ragan, T.J., Mureddu, L.G., & Vuister, G.W.",
                 "CcpNmr AnalysisAssign: a flexible platform for integrated NMR analysis",
                 "J.Biomol.Nmr (2016), 66, 111-124, http://doi.org/10.1007/s10858-016-0060-y")
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# Last code modification
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__modifiedBy__ = "$modifiedBy: Ed Brooksbank $"
__dateModified__ = "$dateModified: 2021-06-04 19:38:33 +0100 (Fri, June 04, 2021) $"
__version__ = "$Revision: 3.0.4 $"
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# Created
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__author__ = "$Author: Luca Mureddu $"
__date__ = "$Date: 2017-05-20 10:28:42 +0000 (Sun, May 28, 2017) $"
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# Start of code
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#### GUI IMPORTS

from ccpn.ui.gui.widgets.PipelineWidgets import GuiPipe
from ccpn.AnalysisScreen.gui.widgets import HitFinderWidgets as hw

#### NON GUI IMPORTS
from ccpn.framework.lib.pipeline.PipeBase import SpectraPipe, PIPE_SCREEN
from ccpn.util.Logging import getLogger



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###   Attributes:
###   Used in setting the dictionary keys on _kwargs either in GuiPipe and Pipe
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PipeName = 'Setup NmrAtoms from Peaks'
DefaultPeakListIndex = -1
SpectrumGroup = 'SpectrumGroup'

SGVarNames = [SpectrumGroup]

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##########################################      ALGORITHM       ########################################################
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##########################################     GUI PIPE    #############################################################
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[docs]class SetupNmrAtomsFromSGroupGuiPipe(GuiPipe): pipeName = PipeName def __init__(self, name=pipeName, parent=None, project=None, **kwds): super(SetupNmrAtomsFromSGroupGuiPipe, self) GuiPipe.__init__(self, parent=parent, name=name, project=project, **kwds) self._parent = parent row = 0 hw._addSGpulldowns(self, row, SGVarNames) row += len(SGVarNames) self._updateWidgets() def _updateWidgets(self): self._setSpectrumGroupPullDowns(SGVarNames)
######################################################################################################################## ########################################## PIPE ############################################################# ########################################################################################################################
[docs]class SetupNmrAtomsFromSGroupPipe(SpectraPipe): guiPipe = SetupNmrAtomsFromSGroupGuiPipe pipeName = PipeName pipeCategory = PIPE_SCREEN _kwargs = { SpectrumGroup: 'spectrumGroup.pid', #this will be replaced by the SG pid from the gui selection }
[docs] def runPipe(self, spectra): ''' ''' getLogger().info(self._startedInfo) spectrumGroup = self._getSpectrumGroup(self._kwargs[SpectrumGroup]) nmrChain = self.project.fetchNmrChain(spectrumGroup.name) for spectrum in spectrumGroup.spectra: peakList = spectrum.peakLists[DefaultPeakListIndex] nmrResidue = nmrChain.fetchNmrResidue(str(spectrum.name).replace('-','_')) # name by spectrum and replace the - if in the nane, otherwise API crashes peaks = peakList.peaks peaks.sort(key=lambda x: x.position[0], reverse=True) # reorder peaks by position 0. Done for 1D for seq, peak in enumerate(peaks): # only process those that are empty OR those not empty when checkbox cleared for i, axisCode in enumerate(peak.axisCodes): nmrAtom = nmrResidue.fetchNmrAtom(name=str(axisCode+'_'+str(seq))) peak.assignDimension(axisCode=axisCode, value=[nmrAtom]) return spectra
# SetupNmrAtomsFromSGroupPipe.register() # Registers the pipe in the pipeline